Das Atrium, auch Paradies genannt, verbindet die Münsterkirche mit der Anbetungskirche St. Johann. Es entstand im 10. Jahrhundert zusammen mit der Johanneskirche. Der heutige Bau stammt weitgehend aus dem 12. Jahrhundert. Im Atrium befand sich der Friedhof der am Frauenstift tätigen Kanoniker. Sie wurden nach ihrem Tod in der Münsterkirche aufgebahrt und nach einer Totenmesse im Atrium bestattet. Südlich der Münster- und Johanniskirche, auf dem heutigen Burgplatz, erstreckte sich der Begräbnisplatz für die Laien.

Der große, aus Holz geschnitzte Kruzifix entstand um 1400. Vermutlich hing er früher im östlichen Vierungsbogen der Münsterkirche.

Die Bronzeportale schuf 1979 der Salzburger Bildhauer Toni Schneider-Manzell (1911-1996). Das Südportal zeigt die Muttergottes und die Patrone der Münsterkirche, die hll. Cosmas und Damian. Auf dem Nordportal steht links Johannes der Täufer, Schutzherr der Anbetungskirche. Der heilige Quintin auf dem rechten Flügel war Patron der nördlich des Atriums gelegenen Quintinskapelle, die zu Beginn des 19. Jahrhunderts abgerissen wurde.

Durch die Laterne in der Mitte des Hofes blickt man in die moderne Bischofsgruft, die Adveniatkrypta, die 1981 bis 1983 unter dem Atrium gebaut wurde.