1943 und 1945 wurden die Münsterkirche, St. Johann und Kreuzgang von Bomben der Alliierten schwer getroffen. Im März 1943 schlug vor dem Ostchor eine Luftmine ein, Brandbomben zerstörten Dächer, Fenster und Gewölbe. Das Feuer vernichtete große Teile der Kirchenausstattung und der Stiftsbibliothek. 1945 wurden der Ostchor, der Kreuzgang und die Schatzkammer bei einem Angriff schwer beschädigt. Der Kirchenschatz selbst war bereits seit 1939 ausgelagert worden und überstand den Krieg so weitgehend unbeschadet.

Nach dem Ende des Krieges begann der Wiederaufbau des Münsters, der Anbetungskirche und der umliegenden Gebäude, der erst bei der Bistumsgründung 1958 abgeschlossen war.

1981 bis 1983 entstand im Westen der Münsterkirche die so genannte Adveniat-Krypta unter dem Atrium. Dort fand der erste Essener Bischof und Kardinal Franz Hengsbach seine letzte Ruhestätte.

Die jüngste Veränderung der Münsterkirche ist die Umgestaltung der südlichen Chorkapelle im Jahr 2004 durch Thomas Kesseler. Seitdem dient diese als Erinnerungsstätte für den von den Nationalsozialisten ermordeten und im Oktober 2001 seliggesprochenen Journalisten und Arbeitersekretär Nikolaus Groß.